召唤机械生物需要特定的召唤物和条件。机械三王包括双子魔眼、毁灭者和机械骷髅王，分别对应机械魔眼、机械蠕虫和机械骷髅头三种召唤物。这些召唤物可以通过合成或掉落获得，但合成是更可靠的方式。机械魔眼需要晶状体、光明之魂和铁锭；机械蠕虫需要腐肉或椎骨、暗影之魂和铁锭；机械骷髅头则需要骨头、光明之魂、暗影之魂和铁锭。所有召唤都必须在夜间进行，且对应Boss存活时无法重复召唤。
首先需要在秘银砧或山铜砧旁，使用6个腐肉或椎骨、5个铁锭和6个暗影之魂合成机械蠕虫。腐肉来自腐化之地的噬魂怪，暗影之魂则需在肉山后的地下腐化区域击杀敌怪获取。合成后的机械蠕虫只能在晚上7:30至凌晨4:30使用，召唤出的毁灭者会以长条形机械蠕虫形态出现，具有多节身体和激光攻击能力。战斗时建议搭建高空平台以规避其冲撞攻击。
双子魔眼的召唤需要准备3个晶状体、6个光明之魂和5个铁锭。晶状体通过击杀恶魔眼获得，光明之魂需在神圣之地地下层收集。召唤出的双子魔眼由激光眼和魔焰眼组成，两者必须全部击败才算胜利。这个Boss的特点是会发射多种弹幕攻击，包括火焰和激光，需要灵活走位应对。机械魔眼若在白天使用会直接消失，且同一时间只能存在一只双子魔眼。
机械骷髅王的召唤条件最为复杂，需要30个骨头、3个光明之魂、3个暗影之魂和5个铁锭。骨头可在地牢击杀骷髅获得，其他材料收集方式与前两者类似。这个Boss保留了原版骷髅王的旋转头颅攻击方式，但新增了机械臂和激光等攻击手段。其防御力会随时间推移增强，因此建议在召唤后尽快解决战斗。若战斗拖延至白天，机械骷髅王会进入狂暴状态并最终逃离。
除了常规召唤方式，部分特殊种子世界存在变异召唤机制。在天顶世界种子中，使用奥库瑞姆剃刀可召唤机械美杜莎，这是由三王特征缝合而成的特殊Boss。奥库瑞姆剃刀需要通过机械三王的召唤物二次合成获得。这类特殊召唤往往伴随更高难度，需要充分准备装备和场地。某些情况下，系统随机的地震事件也会自然生成机械Boss，若使用召唤物会出现双Boss的极端情况。
机械Boss的击败会开启游戏进程的新阶段，并掉落力量之魂、视域之魂等制作材料。这些材料可用于合成高级武器和装备，如巨兽鲨、神圣镐等。每次成功击败机械Boss后，世界会生成新的世纪之花花苞，为后续挑战世纪之花做准备。建议按毁灭者、双子魔眼、机械骷髅王的顺序逐步挑战，这个顺序综合考虑了Boss难度和装备提升曲线。