传说中的神兽主要分为三神鸟、超梦、梦幻以及部分需要通过特殊条件触发的隐藏神兽。这些神兽不仅拥有远超普通宝可梦的战斗力，其捕捉难度和出现条件也更为复杂。三神鸟包括闪电鸟、火焰鸟和急冻鸟，分别栖息于无人发电厂深处、灯火山山顶以及双子岛瀑布封锁后的洞穴最深处。超梦作为基因改造产物，位于超梦山洞最底层，需通关主线剧情后才能挑战。梦幻则属于隐藏神兽，仅在红莲岛特定建筑内通过秘密钥匙解锁的区域随机出现。
除基础神兽外，部分改版或特殊剧情中可能加入更多传说级生物。例如洛奇亚和凤凰分别出现在第八座彩虹岛的右下方与左上方草丛，等级高达70级，需通过船票或事件触发才能抵达对应区域。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，而岩神柱、冰神柱等则分散在岛屿特定地形中。这些神兽的捕捉需要针对性策略，如携带克制属性的宝可梦削弱其HP，或使用高级球、大师球提高成功率。
神兽的战斗机制与普通宝可梦存在显著差异。急冻鸟的冰冻光线具有极高威力，需提前准备火系技能反制；闪电鸟的电系攻击对地面系无效，可借此创造输出机会；超梦的超能力属性使其对恶系技能极度脆弱。部分神兽如古拉顿（火焰山地下）甚至需要特定道具才能触发战斗。捕捉过程中需注意控制神兽HP至红色状态，并配合麻痹、睡眠等异常状态提升捕获概率。
隐藏神兽的探索往往与游戏进程深度绑定。雪拉比仅在3号岛左侧森林随机遭遇，海皇牙需在双子岛垂钓获得，而吉拉奇则潜伏于幽灵塔顶楼。这些神兽的刷新机制较为隐蔽，部分需完成支线任务或解谜才能激活。建议玩家在挑战前组建多属性队伍，携带充足回复道具和状态技能，以应对长时间消耗战。神兽的稀有性决定了其捕捉过程充满挑战性，但成功收服后将极大提升队伍整体实力。
火红版神兽系统通过地理分布、属性特性和触发条件的差异化设计，构建了层次丰富的收集体系。玩家需综合运用地图探索、战斗策略和资源管理能力，才能逐步解锁这些传说生物。部分改版可能调整神兽分布或新增物种，但核心捕捉逻辑仍遵循原作框架。严谨的准备工作与耐心的尝试是成功收服神兽的关键要素。