机密卷宗是影之刃3中一个重要的高难度玩法，开启需要完成特定主线任务并获取卷宗道具。玩家首先需要推进主线剧情至第七幕序章及后续章节，在湮灭难度的主线副本、昼夜空间、暗影魔踪和虚空裂缝等副本中有概率随机掉落机密卷宗。这是获取卷宗的基础途径，也是后续参与玩法的重要前提。
开启机密卷宗的具体入口位于大地图中的京城商会地点。在寻宝人阿琦亚处可以查看已获得的卷宗并进行单人挑战或组队挑战。即使没有卷宗道具的玩家也可以加入其他玩家发起的组队挑战，但每周最多只能获取10次奖励。卷宗分为传说、极品、绝品等多个品质，对应不同颜色标识，品质越高掉落的奖励越丰厚。
卷宗重铸是提升挑战收益的关键环节。通过消耗古商币可以对卷宗属性词条进行重铸，从而改变挑战难度。古商币可通过卷宗商店获取，重铸后的卷宗难度分为湮灭、逆天、困难、普通四个等级。难度越高，掉落的资源越珍贵。建议玩家在挑战前将卷宗难度重铸至逆天以上，以最大化收益。
组队策略方面，三人组队时只有队长会消耗卷宗次数，但所有队员都能获得奖励。这种机制使得玩家可以通过轮流担任队长的方式，用最少资源获取最多奖励。在组队配置上，建议优先选择能互补职业特性的队友，如远程输出搭配近战控制等组合。卷宗挑战失败会扣除次数，次数耗尽或挑战成功后卷宗将消失。
机密卷宗玩法还包含星图解锁和笔记强化系统。通过挑战不同种类卷宗可以解锁星图节点，笔记加点则能强化卷宗属性。建议优先解锁增加掉落率和提升难度的笔记技能。鸿鸾彩券作为特殊卷宗，还能产出蛇纹徽记和鸿鸾锁等稀有道具，是后期装备强化的关键资源获取途径。