新英雄副本分为普通、困难和地狱三个难度，不同难度的副本有不同的敌人和奖励，玩家需要根据自己的实力和需求来选择适合的难度。新手玩家可以从普通难度开始，逐步提升实力后再尝试更高难度。通关的条件是在限定时间内击败所有敌人，时间耗尽或全员阵亡会导致失败，因此需要合理分配时间，快速击败敌人。敌人拥有特殊的技能和属性，需要仔细观察其行动，避免受到攻击，特别是那些可能释放控制技能的敌人，要及时打断或躲避，保证团队的生存能力。通关后可以获得新英雄的碎片、金币、经验和道具等奖励，这些资源对提升英雄等级和能力至关重要。
在挑战秘境副本时，选择合适的忍者非常关键。不同的忍者拥有不同的技能和特点，需要根据秘境的机制和敌人类型来搭配。高连击数忍者在需要频繁连击的副本中表现更佳。团队合作也是通关的重要因素，组队时可以与其他玩家配合，选择擅长不同技能的忍者组合，共同应对敌人的攻击和机关陷阱。熟悉地图布局同样重要，了解陷阱和宝箱的位置能帮助规划行动路线，避免不必要的损失。秘境中新增的限时挑战和连击数要求等机制，需要玩家展示操作技巧，合理利用忍者技能和团队协作来达成目标。
冒险副本的挑战需要注意战斗力的匹配，如果战斗力不足，即使技巧再高也难以通关。在副本中，奥义的释放阶段自身会处于无敌状态，可以利用这一点在危急时刻保命并对敌人造成巨大伤害。通灵兽和秘卷的正确使用能显著提升通关效率，根据实际情况搭配技能释放时机，可以增加成功的可能性。提升角色实力是过关的基础，强化装备、洗炼忍具和饰品都能有效提升战力。合理分配资源，优先升级对战斗影响最大的技能和装备，能够更快地适应高难度副本的挑战。
修罗团本等高难度副本需要特别注意团队配合和角色选择。推荐使用须佐鼬等拥有无敌技能的忍者，能够有效抵挡伤害。在多人协作的副本中，分组击杀敌人是关键，确保同时击败特定敌人以避免其复活。副本中会随机出现幸运秘宝，务必在副本内领取，否则无法获得奖励。低战力玩家可以选择辅助型角色，避免干扰高战力队友的输出。合理利用角色的控制技能和治疗能力，能够显著提升团队的生存和输出效率，从而更轻松地完成高难度挑战。